Dinas Perhubungan Kabupaten Kepulauan Anambas dibentuk menyusul diberlakukannya Undang-Undang Otonomi Daerah pada awal 2000-an, ketika pengelolaan transportasi yang sebelumnya berada di tingkat provinsi mulai didelegasikan ke kabupaten. Pada tahun 2007, dinas ini resmi beroperasi dengan kantor pusat di Tarempa, bertanggung jawab mengatur trayek angkutan darat desa, pelayanan dermaga rakyat, serta penyeberangan antar pulau di wilayah Anambas. Pada dekade pertama, fokus utamanya adalah membangun konektivitas laut melalui rute kapal feri yang menghubungkan pulau-pulau utama, serta menertibkan lalu lintas jalan desa. Seiring meningkatnya kunjungan wisata dan aktivitas ekonomi perikanan, peran Dinas semakin berkembang dengan penerapan sistem e-ticketing di dermaga, digitalisasi perizinan angkutan, dan kolaborasi lintas sektor untuk peningkatan kualitas sarana prasarana transportasi. Dalam beberapa tahun terakhir, Dinas Perhubungan Kepulauan Anambas terus mendorong inovasi transportasi ramah lingkungan dan sistem pemantauan lalu lintas pintar, demi mewujudkan mobilitas masyarakat yang lebih aman, efisien, dan berkelanjutan di seluruh pulau.